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En 1972, había una estudiante llamada Misaki en la escuela Yomiyama, en la clase de 9-3. Misaki era muy popular entre sus compañeros, y profesores, así que cuando murió repentinamente, la clase decidió continuar actuando como si no hubiera fallecido. Sin embargo, cuando tomaron la foto de la graduación había una persona de más en ella,alguien que no debería estar ahí - "Misaki".

En la primavera de 1998, noveno año del estudiante Koichi Sakakibara, se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigacion de la India. Su traslado fue a la escuela Yomi del norte a la clase 9-3. A causa de un neumotórax Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comenzaron las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase: le hicieron una visita. Antes de recibir el alta, Koichi conoce a una chica en el ascensor, la cual lleva el uniforme de su escuela y un parche en el ojo izquierdo. Ella va al sótano del hospital donde está ubicada la morgue, diciendo que tiene que entregar algo a su "otra mitad".
Su nombre: Mei Misaki.

Koichi llega a asistir a las clases y trata de adaptarse, pero no puede dejar de notar el extraño comportamiento de sus compañeros. Mei, la chica que conoció en el hospital pertenece a la misma clase, ella siempre está sola y nadie parece preocuparse por su presencia o tratar de hablar con ella. Inicialmente, Koichi cree que es un caso de acoso escolar, pero se da cuenta de que incluso los empleados y profesores de la escuela actúan de la misma manera. El ambiente algo aterrador en su nueva clase, parece tener un oscuro secreto que ninguno de sus compañeros de clase quiere revelar.

Pronto empezarán a ocurrir muertes inexplicables en la clase de 9-3, como la muerte de sus compañeros de clases, y de sus familiares.